Органами управления Профобъединения являются:
Конференция – высший руководящий орган (созывается 1 раз в 5 лет)
Совет – постоянно действующий коллегиальный руководящий орган (созывается не реже 1 раза в год );
Президиум – коллегиальный исполнительный орган (созывается не реже 1 раза в квартал);
Председатель – единоличный исполнительный орган .
Профсоюзным контрольно-ревизионным органом Профобъединения является Контрольно-ревизионная комиссия.